Đôi khi, Naem có thể bị nhiễm ký sinh trùng như Taenia solium, Trichinella spiralis và vi khuẩn gây bệnh đường ruột như vi khuẩn Coliform và Salmonella.[7] Người ta đã chứng minh rằng quá trình hình thành axit lactic khi lên men có thể ức chế vi khuẩn Salmonella tăng trưởng.[7] Sử dụng môi trường nuôi cấy vi khuẩn Lactobacillus curvatus lúc bắt đầu làm món, được chứng minh có thể ngăn chặn "vi khuẩn gây bệnh phát triển" trong naem.[6] Naem đôi khi còn được diệt khuẩn bằng cách chiếu xạ.[9]

Quy định về hàm lượng vi khuẩn

Hàm lượng vi khuẩn trong sản phẩm thịt lợn chua Thái được quy định: Không vượt quá 0,1 g (0,0035 oz) khuẩn Escherichia coli O157:H7, Staphylococcus aureus không vượt quá 0,1 g (0,0035 oz), Yersinia enterocolitica không vượt quá 0,1 g (0,0035 oz), Listeria monocytogenes không vượt quá 0,1 g (0,0035 oz), Clostridium perfringens không vượt quá 0,1 g (0,0035 oz), vi nấm ít hơn 10 cụm mỗi gram, Trichinellaspiralis ít hơn 100 g (3,5 oz).[17] Nếu bất kỳ vi khuẩn nào tồn tại ở mức cao hơn so với mô tả trên, chúng có thể gây bệnh.[17]